曾国藩在两江总督的位子上一坐就是五年。这期间，湘军已经攻破天京，曾国藩被封为一等勇毅侯，成为清代以文人封武侯的第一人。他随即被任命为钦差大臣，调去围剿捻军，由李鸿章接替他做了两江总督。不过，李鸿章两江总督的位子还没坐热，曾国藩因围剿捻军无功，被免去钦差大臣职务，改由李鸿章接任，曾国藩又重新回来做了两江总督。
［“捻”本为淮北方言，意为一股、一伙。捻子（又称捻党）则为明末清初兴起于淮河流域的一个秘密民间组织，后逐渐扩大到山东、河南、苏北等地，成员主要为贫苦农民、小手工业者、盐贩、渔贩、游民等。一股少则数十人，多则数百人，称为一捻，首领称为“捻头”或是“趟主”。各捻之间互不统属，也无统一纲领、旗帜等。太平天国兴起后，各地掀起反清起义高潮，河南、安徽等地的捻子也群起响应。其中以安徽亳州（今安徽亳县）捻头张乐行势力最大，并开始有“捻军”之称。各地捻军起义后，均是各自为战，很少联系。但随着时局的深入发展，各捻首领开始感到有必要联合起来共同御敌。咸丰五年（1855）秋，各路捻军会盟于安徽蒙城雉河集（今安徽涡阳），公推张乐行为盟主。从此，捻军声威大震，由分散渐趋统一，成为北方的抗清主力，也成为太平天国的北方屏障。咸丰七年（1857）二月，太平军李秀成部与捻军龚得树、苏天福等部会师于霍邱。张乐行力排众议，率领捻军加入太平天国，正式接受太平天国的领导。捻军将士开始蓄长发，军中也以太平军旗帜代替原来的五色旗，各部将领接受太平天国封号、印信。两军联合以后，捻军势力更为壮大，不仅在淮河流域牵制了部分清军主力，减轻了天京的压力，并且与太平军配合进行过多次重大战役，有力地支持了太平天国。不过，捻军参加太平天国是有条件的，即所谓“听封而不能听调用”。与太平军有事则联合作战，无事则各自行动，依然保持着某种独立状态。同治元年（1862），太平天国英王陈玉成败死，太平军皖北根据地完全丧失，军事形势急剧恶化。同治二年（1863），清科尔沁亲王僧格林沁率军大肆围攻捻军，张乐行连战不敌，连根本之地雉河集也落入清军之手，张乐行仅率二十余人突围。张乐行与子张喜、义子王宛儿藏匿于乡民李勤邦家，结果被李勤邦祖侄李家英出卖，被清兵俘获后凌迟处死。捻军将领张宗禹、任化邦等率领捻军余部在河南南部与太平军赖文光部会合后，奉赖文光为新的领袖。赖文光随即将捻军按太平军军制进行大规模整编，改建成一支战斗力很强的新军。同治四年（1865），赖文光率捻军一举全歼了僧格林沁的蒙古马队。僧格林沁本人逃入麦田之中，结果被十三岁的捻童张皮绠搜到，一刀刺死。僧格林沁一直是清廷倚重的猛将重臣，他的败亡对清朝造成了巨大的震撼，清朝急调曾国藩为钦差大臣督师剿捻。曾国藩采取挖壕设防、坚壁清野之策，力图围困捻军。捻军首领赖文光为了保存实力，决定将主力分为两支：由遵王赖文光、鲁王任化邦、首王范汝增、魏王李蕴泰等率东捻军转战于河南、山东、湖北等地；梁王张宗禹、幼沃王张禹爵（张乐行侄）、怀王邱远才等率西捻军进军陕、甘地区，与西北回民起义军联络。自此，捻军分为东、西两支，互相配合作战，曾国藩也因为剿捻无功被撤换。同治六年（1867），东捻军经过赣榆、寿光两次大战，主力损失殆尽。当年十二月初八，遵王赖文光抢渡六塘河，率两千余人突破重围，沿运河东岸南下多次，力图渡过运河，均遭挫败。不久，赖文光在扬州瓦窑铺因坐骑为清军击毙而被俘，被押到扬州处死。东捻军失败。起初，西捻军得知东捻军被围消息后，立即东进救援，计划直接进攻北京，以吸引清军主力，解东捻军之围。并于同治六年（1867）一月二十二日突破了清军的黄河防线，经山西、河南进入直隶。同治七年（1868）一月，西捻军直逼北京西南卢沟桥，京师大震。清廷急命恭亲王奕?会同神机营王大臣办理巡防事宜，又命钦差大臣左宗棠总统直隶境内各路清军防堵西捻军。西捻军因孤军深入，陷入清军重围，因寡不敌众，损失惨重。最终被围困于黄河、运河、徒骇河之间。六月二十八日平南镇一战，西捻军全军覆没，仅梁王张宗禹率十八骑冲出重围，不知所终。至此，长达十六年、纵横八省的捻军起义失败。］
众所周知，湘军因曾国藩而崛起，之后湖南名人层出不穷，湖南一省开始在中国近代史上以强者的姿态出现，甚至出现了“中国不可一日无湖南”的说法，成为晚清历史上显赫的一页。
从在朝廷中的势力而言，湘军最盛之时，湘军将领担任“总督、巡抚，其他专阃、监司，以勋伐昭著于时者，不可胜数”。同治初期，八大总督之席位，湘淮系常占五位；十六个巡抚席位，湘淮系经常保持在十一位以上。整个湘军系统中位至总督者十五人，位至巡抚者十四人，其他大小文武官员不计其数。湘军将领及其幕僚已经成为当时中国政治、军事舞台的绝对主角。胡林翼、左宗棠、李续宾、刘长佑、蒋益澧、曾国荃、彭玉麟、杨岳斌、刘锦棠、刘坤一、杨昌濬、李续宜都是从湘军中成长起来的大名鼎鼎的人才。而重臣中与湘军有很深渊源的也不在少数，知名者如沈葆桢、李鸿章、严树森、李瀚章、李宗羲、阎敬铭、许振韦等等。其中李鸿章作为曾国藩的学生又创立了淮军，淮军一系陆续产生了张树声、刘铭传、潘鼎新、刘秉璋、钱鼎铭、郭柏荫、王凯泰、刘郇膏、丁日昌、周馥等名将，势力更盛。用王闿运的话说，湘淮两军，“偏、裨皆可督抚”。湘军气焰之嚣张，由此可见一斑。
从人才而言，曾国藩幕下可谓“极一时之盛”。当时天下人听说曾国藩礼贤下士，跟随他功名利禄唾手可得，于是争相从四面八方赶来投奔。这其中，除了文学之士外，还包括一批卓越的工程师、科学家等。同治二年（1863），留美学生容闳到安庆拜访曾国藩，如实记录了所看到的景象：“当时各处军官（应为官员，原文为officials）聚于曾文正之大营中者，不下二百人。大半皆怀其目的而来。总督幕府中亦有百人左右。幕府外更有候补之官员、怀才之士子。凡法律、算学、天文、机器等等专门家，无不毕集，几乎举全国人才之精华，汇集于此。此皆曾文正一人之声望道德，及其所成就之功业，足以吸引之罗致之也。”（《西学东渐记》）周遭兵祸，唯安庆一隅人才济济，以容闳之见多识广，对此尚感到惊异和赞叹，可见当时曾国藩的幕府是何等恢张，隐隐然有成为天下重地之意。
［容闳，字达萌，号纯甫。安徽安庆人，迁居广东香山（今属珠海）。少年入澳门马礼逊学校（后迁香港）学习。道光二十七年（1847）初赴美留学，进入麻省芒松学校学习。与其同行的有黄宽等人。三年后，黄宽赴英国苏格兰爱丁堡大学学习医学，获医学博士学位，是中国第一个赴欧美学习西医之人。容闳则考入耶鲁大学，咸丰四年（1854）以优异成绩毕业，成为毕业于美国大学的第一个中国留学生。不久后回国，先后担任香港英府高等审判厅翻译、上海英商丝茶公司书记等职务。容闳一度对太平天国持支持态度，曾于咸丰十年（1860）到太平天国首都天京，向当时主持朝政的干王洪仁玕（洪秀全族弟）提出组织良好军队、设立武备学校及海军学校、建立有效能的政府、颁定教育制度等七条新政建议。但这一趟容闳也看出了太平天国的种种问题，不敢相信其能成大事，因此没有接受太平天国的任职。同治二年（1863），容闳受曾国藩委派，为筹建江南制造局赴美采购机器，从此投身师夷自强的洋务运动。容闳曾通过江苏巡抚丁日昌向清廷条陈，其中有一条便是选派青少年出洋留学。李鸿章很赞同容闳的建议，也一再上奏。恭亲王奕?更有远见，反对李鸿章派遣二十岁青年留学的主张，力主选送十六岁以下少年。当时中国人还是老观点，认为外国是“蛮夷之邦”，而且报名留学者要由父母写下保证书，申明子女在外生死由命，所以家庭均不愿意将自家孩子送出去留学。同治十一年（1872），容闳、陈兰彬率领好不容易凑齐的三十名少年从上海启程，赴美留学。这其中就有詹天佑、梁敦彦、黄开甲。到光绪元年（1875）九月为止，前后派出四批少年留学生，共一百二十名。身穿马褂、头戴瓜皮帽的少年到达美国时，围观者云集。有美国人见到他们脑后的辫子，大喊“中国女孩子”。自此，少年以留辫子为耻。后吴嘉善接替陈兰彬任留学生监督，到美国后发现留美少年穿洋装、入西教，甚至剪发辫，且不向他跪拜，勃然大怒，立即上奏朝廷说少年书没读好，倒沾染了不少恶习，请求撤回留学少年。恭亲王奕?最终决定召回了留学生。近代中国第一次官派留学的尝试遂告失败。容闳回国后，发现洋务运动并没有改变中国落后的现状，对洋务派的无所作为深感失望之下，参加了戊戌变法活动，失败后被清廷通缉，不得不逃出了北京。容闳强国的梦想并未就此熄灭，于辗转流亡中，又开始支持孙中山进行的革命活动。民国元年（1912）一月，容闳致函祝贺孙中山就任中华民国临时大总统，四月即病逝于美国。从容闳坎坷的一生中，可以清晰地感受到在屈辱的晚清时期一个有才华有思想的中国人报国无门的痛苦和悲愤。他总是在希望中失望，又在失望中重新燃起希望，希望却总是再一次地破灭，如此反反复复，最终还是壮志难酬。］
从时局而言，从咸丰一朝到同治一朝，再到光绪一朝，除了三个皇帝外，还曾经有三个被公认为有潜力君临天下的人物——这便是太平天国的最高领导人天王洪秀全、恭亲王奕?以及湘军主帅曾国藩。曾国藩得以与洪秀全和奕?相提并论，可见其实力不容小觑。正因为曾国藩有如此声势，是以清廷虽然深为猜忌，也绝不敢轻易动他。
［奕?，道光皇帝第六子，咸丰皇帝奕异母弟。奕生母钮祜禄氏为道光皇帝孝全成皇后，但钮祜禄氏早死，奕改由静贵妃博尔济吉特氏抚养，静贵妃即为奕?生母。奕、奕?年纪相仿，且由一母养大，关系异常密切，比亲兄弟还要亲。然而，两兄弟长大成人后，均成为皇储的有力人选，猜忌由此而生。奕?才智见识过人，远在奕等其他皇子之上，道光皇帝最为钟爱，一度有意立为太子。有一天，道光皇帝召皇四子奕和皇六子奕?入对，将藉以决定储位。两位皇子都向自己的师傅请教对策。奕?的师傅卓秉恬对奕?素来有信心，告诉他说：“皇父如有垂询，当知无不言，言无不尽。”奕的师傅杜受田则说：“阿哥如条陈时政，知识不敌六阿哥。唯有一策：皇上若自言老病，将不久于此位，阿哥就伏地流涕，以表孺慕之诚而已。”即所谓的“藏拙示仁”之计。两兄弟都照着自己师傅说的做了。道光皇帝晚年身体多病，昏聩不堪，果然如杜受田所料，对奕更为满意，谓皇四子仁孝，储位由此而定。但道光心中还是喜爱奕?，死前留有亲笔书写的“朱谕”——即于道光二十六年（1846）六月十六日藏在乾清宫“正大光明”匾额后的立储御书——上面写着：“皇六子奕?封为亲王，皇四子奕立为皇太子。”（此谕旨现珍藏在中国第一历史档案馆）在后一行汉字的旁边，还另写有“皇四子奕立为皇太子”的满文。道光皇帝特意在立储御上封皇六子奕?为恭亲王，本意其实是为了防止奕压制奕?。奕即位为咸丰皇帝后，起初尚能顾念手足之情，对待奕?友善，封其为亲王，还封养母静贵妃为贵太妃。咸丰五年（1855），贵太妃病重，咸丰皇帝和奕?时常去探望。某一个夏日，咸丰皇帝前去给贵太妃请安。迷迷糊糊的贵太妃刚刚睡醒，以为来人是自己的亲生儿子奕?，很不高兴地说：“你怎么又来了？能给你的，我都给了。他（指咸丰皇帝）性情不测，莫生嫌疑就好。”咸丰皇帝知道她说错了话，便叫了声：“额娘。”贵太妃这才发现来的人是皇帝，而不是奕?，于是转身装睡，一言不发。自此，咸丰皇帝对养母和奕?都生了嫌疑。过了几天，咸丰皇帝再去向贵太妃请安时，刚好遇到奕?出来，咸丰皇帝问起贵太妃病情如何。奕?哭着跪下说：“怕是没治了，就等着上皇太后封号，方能瞑目。”咸丰皇帝只是淡淡“哦”了一声，再没表示。不料奕?以为皇帝答应了要给生母加“皇太后”封号，便立即赶到军机处，命人准备册封典礼。咸丰皇帝得知后十分气愤，但木已成舟，不便拒绝，最后还是勉强同意，尊皇贵太妃为康慈皇太后。不久，康慈皇太后去世。咸丰皇帝不但下令减损皇太后的丧仪，还立即将奕?的军机处职务罢免，命其回上书房读书。奕?自此在咸丰一朝备受压抑和打击，兄弟二人自此连表面的和睦都没有了。回想两兄弟小时候两小无猜的手足情谊，不由得令人感叹世上对人改变之大者，无过于权势。］
然而，形势变化远比人想象的要快。同治七年（1868）七月二十七日，曾国藩接到谕旨：“曾国藩著调补直隶总督，两江总督著马新贻调补。”直隶总督和两江总督各自关系北南大局，且直隶总督系疆臣之首，肩负拱卫京师、就近顾问之责，排位尚在两江总督之上，看起来曾国藩是升了，但实际上却大有分别——两江是曾国藩的老巢，如鱼得水；直隶地处京畿，王宫贵族云集，再有能耐的大臣到此，也是龙游浅滩。
正因为如此，曾国藩很不高兴。马新贻确有才干，但并无殊勋，又与湘军、淮军毫无渊源。由资历尚浅的马新贻来接任位高权重的两江总督，在精于权术和深谙官场之道的曾国藩看来，这是朝廷对他本人的有意贬低。
且看曾国藩本人在七月二十七日这一天日记中的记录：“早饭后清理文件，习字一纸。坐见之客一次。”一切都很平静，但接下来“接奉谕旨，余调补直隶总督，马新贻调两江总督”后就完全不一样了，先是“围棋二局”，但在这样的大事面前，心性终究无法平静，于是开始“与家人论南北行止事宜”，然后是“坐见之客三次。改复丁雨生、李筱泉两信稿，约改四百字”。
丁雨生即丁日昌，时任江苏巡抚，为曾国藩亲信。李筱泉即李瀚章，李鸿章亲兄长，与曾国藩同为道光十八年（1838）进士，长期为湘军综理粮秣、担任后勤，其人与曾国藩之私人关系比其弟李鸿章还要更亲近一层。曾国藩给这二人写信，很有深意，但他心烦意乱下，改两封信竟然也未能完成。
之后曾国藩“中饭后阅本日文件。周缦云（曾国藩心腹幕僚）来久谈。小睡片刻。申刻写丁（日昌）、李（瀚章）二人信，各添二叶（页）。酉刻课儿甥辈背文。傍夕至后园一览。小睡良久。夜核批稿各簿毕。至纪鸿（曾国藩次子）房中，见桌有穀牌，而身在他处下棋，天分本低，又不能立志苦学，深为忧虑，闷坐良久，不能治事。二更三点睡”。
纪鸿即为曾国藩次子曾纪鸿，时年二十岁。他后来成为了一名数学家，并非曾国藩所说的“天分本低”。可见这里曾国藩“深为忧虑”的并非次子不能“立志苦学”一事，而是即将离任两江总督。
之后两日，曾国藩先后与丁汝昌（字禹廷，亦作雨亭，号次章，安徽庐江人。先参加太平军，后投降加入湘军、淮军，由战功升任总兵，加提督衔，赐协勇巴图鲁勇号）、吴廷栋（字彦甫，号竹如，安徽霍山人。清道光五年拔贡，任职刑部，累官至刑部侍郎。曾国藩挚友）、魁时若、李小湖、钱子密、黎莼斋、惠甫、何廉昉、莫子偲秘密久谈，并再次在日记中提到“倦甚，不能复治事”。
自咸丰二年（1852）离开北京后，曾国藩已经有十六年未能目睹天颜。这次调任直隶总督，他必然要入京陛见，而是福是祸，着实难以预料。尽管他刻意在日记中掩盖心情，尽量在文字中不露痕迹，但还是表现出了忐忑不安、心力交瘁的烦躁，显然对朝廷调他任直隶总督无法自安。
据说最初慈禧太后属意两江总督的人选并非马新贻，而是时任湖广总督的李鸿章。李鸿章为淮军首领，曾国藩为湘军首领，在朝廷看来，以淮制湘，未必不是一招好棋。分而治之，历来是慈禧太后所擅长的权术。
然而，李鸿章的淮军与曾国藩的湘军虽然一直暗中相互竞争较劲，但二人的关系却是错综复杂且藕断丝连。李鸿章有三个原因，必须要推掉两江总督的任命。
一是他出自曾国藩门下，素来对曾国藩有感激知遇之恩之心。当初曾国荃久攻天京不下，清廷多次命李鸿章率领淮军前去会攻。李鸿章却知道湘军历来私心极重，既要占破城首功，又要独吞城内财富，他不愿意为了眼前的小利益去破坏已经存在的某种秩序和关系，因此找各种借口拒命不前，有意不与曾国荃争功。此处关节，曾国藩心知肚明，也十分感激，在给曾国荃的信中特意提到李鸿章此举是“深知弟军之千辛万苦，不欲分此垂成之功”；
二是李鸿章非常清楚朝廷调曾国藩离开两江是想有意压制湘军，但他自己一旦坐上了两江总督的位子，难保不会步曾国藩后尘成为朝廷下一个猜忌的目标。换句话说，清廷从来就没有真正信任过汉人大臣；
三则是李鸿章深知湘军底细，他知道湘军散兵游勇在两江多有不法之事，一旦赴任，淮军必将与湘军起冲突。朝廷对湘军一向不满，万一处理不好还要把他自己的淮军也搭进去。因此，他不愿意去碰这个钉子。这是李鸿章的一点私心，正因为他一直对他的淮军势力保护得很好，在曾国藩死后的二十多年中，他在清朝廷中始终居于举足轻重的地位。
对两江总督的人选，李鸿章也有自己的看法，说：“湘人习气之重，他人视为棘手，……选州必于湘人，朝廷亦深顾虑。”（李鸿章撰／吴汝纶编：《李文忠公全书朋僚函稿卷十》）此见解极为深刻，李鸿章已经料到非湘军嫡系无法坐镇两江。他虽然也出自曾国藩门下，但由于另立山头创建淮军，早已经被排斥在湘军嫡系圈外。
不过，李鸿章的看法是一回事，清廷的实际决策人慈禧太后的看法则是另外一回事。慈禧太后以秀女身份入宫，起初没有任何学问见识，后来协助咸丰皇帝批阅奏章，阅历才逐渐增多。她利用自己为同治皇帝生母的天时地利，先后在与肃顺和恭亲王奕?的争权夺利中占尽了上风，便自以为权术手段高明，能够翻手为云，覆手为雨，岂不知自己的才识根基仍是相当浅薄。同治四年（1865），慈禧太后与恭亲王奕?发生争执，慈禧责备奕?议政尽用汉人，奕?很不以为然。慈禧太后怒气冲冲地威胁说：“我要革了你。”奕?毫不相让，说：“太后革得了臣的官职，却革不掉臣的皇子身份。”慈禧太后勃然大怒，亲笔诏书责备奕?。诏书中错别字连篇，词句多有不通顺之处，令人瞠目结舌。这样一个只擅长玩弄后宫阴谋的女人，当然也没有李鸿章在两江总督人选上的这番远见。她只是一心想要将曾国藩这颗眼中钉调离老巢，令其不能有所作为。既然李鸿章推辞不就，慈禧太后只好另外选人。李鸿章之回避两江总督，就直接造成了他的同科马新贻脱颖而出的大好机会，也为日后刺马案的发生埋下了祸根。
同治七年（1868）七月二十七日，李鸿章也收到京信，正式得知马新贻调任两江总督，而曾国藩则调任直隶总督。当天，他即提笔给马新贻写了一封信。信中说：“畿疆拱卫，非老成硕望不足挽回颓波；江海要冲，非盘错大才不足坐镇雅俗，岂唯皖士重庇福星！欣跃不可言喻。”（《李文忠公全）大概意思是说曾国藩老成硕望，马新贻盘错大才，二人分掌直隶和两江，各得其所。以李鸿章肱股重臣的身份，如此吹捧马新贻这样的后起之秀，实在是很令人费解。
不过在信中，李鸿章也表示了担心，认为“侯相恐将乞退，处斯时地，似不可行，容专缄劝驾”，意思是担心曾国藩恐怕不会在这样的情况下赴任直隶总督，很可能会退休。言下之意不言而喻，他也认为朝廷调曾国藩任直隶总督有贬斥之意，是典型的明升暗降的伎俩。
就在同一天，李鸿章也给曾国藩写了一封信，大力强调直隶总督位置的重要性——“欲借老成重望拱卫神京，即备就近顾问，亲政赞襄之”，显然有宽慰曾国藩的意思。但在信末却话锋一转，说：“谷山（马新贻的字）素极谦谨，一切必守萧规。但威望过轻，长江从此多故矣。”一句“威望过轻”，一句“从此多故”，似乎已经预料到了马新贻日后的悲剧结局。
显然，李鸿章给曾国藩的信才能代表他对马新贻的真实看法，他为什么又要玩弄两面三刀的权术，在给马新贻的信中肉麻地吹捧对方呢？这要从后来李鸿章请求马新贻助淮军军饷的事情中去寻找答案。实际上，在曾国藩与马新贻的两江总督之争中，李鸿章始终是一个坐山观虎斗的旁观者。这是后话。
那么，这个令慈禧、李鸿章等另眼相看的马新贻，到底是什么来头呢？
马新贻，字谷山，号燕门，别号铁舫，山东菏泽人，为回教徒。他是道光二十七年（1847）的进士，跟李鸿章、郭嵩焘同榜。二十六岁的马新贻中进士后步入仕途，没有点翰林，也不曾补京官，榜下即用，分发到安徽当知县，从此一直在安徽做官，历任安徽建平、合肥等县知县，庐州府知府，以勤明称。从咸丰三年（1853）开始在安徽境内与太平军作战，因战功累迁安徽藩司（布政使）。
［郭嵩焘，字筠仙，湖南湘阴人。跟随曾国藩组建湘军起家，号称曾国藩的第一高参。曾国藩也将自己的第四女许配给郭嵩焘之子郭刚基，又帮助郭嵩焘进京入南书房，成为“天子近臣”。光绪三年（1877）起，郭嵩焘出任清朝驻英法公使，是中国第一位驻外外交官。抵达伦敦后，郭嵩焘应邀访问伦敦附近的电力厂，并参观了刚刚发明不久的电话。这是中国人第一次接触到电话。欧洲之旅对郭嵩焘影响很大，他开始不遗余力地向清朝廷介绍外国先进的管理概念和政治措施，由此引来朝中保守派的仇视，次年便被召回国。郭嵩焘将途中见闻写成《使西纪程》，希望对清朝能有所借鉴，结果再次受到猛烈攻击，被诬蔑为“勾结洋人”，从此闲居，再未起用。］
马新贻精明能干，有“能员”之称，历任巡抚都很赏识他，这也令他的官场大道走得一帆风顺。这当然与他本人的才干有关，但更重要的是，在大动荡的时局下，他遇到了一系列千载难逢的机会。
同治三年（1864），太平天国平定，曾国藩受到朝廷猜忌，尤其是其弟曾国荃因为卷入夺取太平天国巨额财富一事而成为众矢之的，为避免兔死狗烹的下场，他主动上书请求裁撤湘军，力推李鸿章出面主持大局，打算以淮代湘。一时之间，李鸿章风头无二，俨然有曾国藩衣钵继承人的姿态。当然，他还需要一些帮手，而且，最好不是湘军一系的人，这样，同年进士马新贻就进入了他的视线。很快，马新贻受到李鸿章的暗中推荐，接替开缺回籍的曾国荃，升为浙江巡抚，从此步入封疆大吏的行列。
在这之前，浙江巡抚名义上为曾国荃，浙江军务也归两江总督曾国藩管辖，但其实浙江本是左宗棠的地盘，此时左宗棠正任闽浙总督。马新贻到杭州上任浙江巡抚后，表面上还是相当尊敬曾国藩，曾专程到江宁向曾国藩问计，给曾国藩留下了相当精明强干的印象。马新贻与左宗棠的关系也很好，曾上书力赞昔日左宗棠在浙江的治迹。
这里要专门讲一下总督与巡抚之间的关系。按照清朝官制，总督和巡抚都是封疆大吏，不相统属。按照职责而言，总督主管军事，节制省内绿营提督、总兵各官，且自辖“督标”三至五营；巡抚则主管民事，总管省内政务监察，也自辖“抚标”二营，用兵时也须负责粮饷。一般来说，总督、巡抚选用文人，极少用武人。这是因为武人知兵，不能轻与事权，而文人不习兵事，不妨假以重任，平时以文制武，战时由朝廷另外特简经略大臣等专事征伐。另外，一省的民政财政和司法则分别由布政使和按察使主管，只听命于户部和刑部，也不属于总督、巡抚管辖。
不过，自曾国藩凭借湘军以文武双重身份崛起后，情况开始改变。他受任两江总督之初，还兼有钦差大臣的身份，有权统辖江、皖、赣、浙四省军务大权。这样，原本不属于他节制的江苏、安徽、江西、浙江四省巡抚以及各省布政使、按察使均成了他的下属。在清朝，这可是前所未有的大事。按照清朝制度，总督对文职道府以下、武职副将以下官员有奏请升调免黜的权力，正是在这样的便宜之下，大批湘军将领倚靠曾国藩进入政权机构，得任地方实职，由此掌握了一方的军事、财政大权。即便到后来曾国藩主动裁撤湘军、湘军为淮军所取代时，湘军一系羽翼已成，不但军事力量雄厚，“七八省政权，皆在掌握”，且五脏俱全，成长为完全有实力分权割据的力量。尤其是曾国藩所管辖的两江富甲全国，形成了“重地方、轻中央”的政治格局。在这样的局面下，以慈禧太后为首的清廷惶惶不可终日，视曾国藩为眼中钉、肉中刺，也就不足为奇了。马新贻升任浙江巡抚，已经是清廷要将曾国藩调离两江的前兆。
马新贻任浙江巡抚期间，讲究政通人和，积极兴修水利，修筑海塘，并奏请豁减杭嘉湖等七府浮收钱和漕米，减轻百姓负担，复兴各府书院等，在当地很有名望，颇受百姓爱戴。正因为马新贻政绩突出，次年左宗棠西征之时，便由他接任了闽浙总督。升迁速度之快，令人大跌眼镜。
此时的马新贻，尽管实力上远远不及，但在声势上已经如同前任左宗棠一般，隐隐然有与两江总督曾国藩相抗之意。不久，东、西捻军先后平定，清廷长松了一口气，急不可待地开始考虑督抚的调动问题，其实最首要考虑的就是如何让令朝廷寝食难安的两江总督曾国藩离开两江。经过一番商讨后，由恭亲王奕?出面，力荐马新贻接任两江总督兼南洋通商大臣，理由是：“马新贻精明强干，操守亦好。他在安徽服官多年，对两江地方最熟悉。剿捻的大功告成，淮军裁遣回籍，非得要马新贻这样的人，才能把那些骄兵悍将妥为安置。”原两江总督曾国藩则调任直隶总督。
当时的八大总督中，以直隶总督地位最尊，其次是两江总督。但论实权，两江总督却要排在第一。而直隶总督虽位列各地总督之首，但地近京畿，上有朝廷，下有顺天府尹，位尊而权轻。加上同时兼任北洋大臣，须常驻天津办理洋务，并不是一桩轻松的好差事。
马新贻升官速度快得匪夷所思，在不到两年的时间内就由二品官升到了疆臣中最有实力的两江总督，实在令人吃惊。当时他才四十七岁，是最年轻的总督。这其中，固然有马新贻自己个人才干的因素，但可遇不可求的机遇远比才华更为重要。当时，太平天国已经平定，曾国藩兄弟名盖天下，但流言也与功名一样多。多年以来，中外纷传曾国藩有谋取帝位的野心。清朝因曾国藩军功封其为一等侯时，曾国藩幼女曾纪芬说，曾家人听到后都说：“侯爵太细。”意思是嫌侯爵的官职太小，不满之情溢于言表。曾国藩势大如猛虎，让这样一个人在江南坐大，真是让慈禧太后坐卧不宁，因此考虑将曾国藩调离江宁成为必然的选择。只是由马新贻来接任两江总督，不仅天下人惊讶，整个湘军系统的人惊讶，曾国藩惊讶，就连马新贻自己也相当惊讶。朝野对此议论颇多，舆论普遍认为马新贻资历尚浅，德不高望不重，让他接替曾国藩的两江总督，太过破格。
在曾国藩接到调任直隶总督的谕旨前，马新贻早已知道自己即将接任两江总督。他的心情，应该是且喜且忧：喜的是他现在是大清朝最让人眼红的大红人，以朝廷心腹的身份当上了两江总督，受圣眷之隆，一时无二；忧的是两江素来是湘军的地盘，他们在那里经营了多年，岂能轻易让给他这个外人？
同治七年（1868）五月十六日，时任闽浙总督的马新贻从杭州坐轮船到达天津，次日到达北京。应该是这个时候，他已经知道慈禧太后的心意。五月二十六日，马新贻被召进宫中，很久才出来，出来时大汗淋漓，神态极为反常。这之后，他突然请了二十天假，回到山东菏泽老家探亲扫墓。离家时，马新贻突然将二位兄长和儿子召到身边，秘密嘱咐说：“我此去吉凶难料，万一有什么不测，千万不要到京告状。一定要忍气吞声，方能自保。”
此时，正式任命他为两江总督的谕旨尚未下达，他却已经在交代身后事，难免令家人大为吃惊。这也就是马新贻临死前交代儿子马毓桢“别忘了当日为父在菏泽交代你们的话”的由来。
显然，马新贻在一开始就已经预料到：他孑然一身赴江宁，既没有自己的军事力量，还需完成朝廷交代的公开和秘密的双重使命，无异于孤身入龙潭虎穴。但是，他不想就此服输。
未到江宁前，马新贻曾致信给曾国藩，商议交卸等公事。曾国藩除了按礼节回信外，还给马新贻送去“巡捕郑兴仪一员，戈什哈四名，聊供驱使”。尚未交接，便送去几名保镖，这份见面礼，着实耐人寻味。在这之前，天下人盛传将来继任曾国藩两江总督的人选是其弟曾国荃，就连曾国荃自己也一直认为总督是自己囊中之物。也许曾国藩也如同李鸿章那样，担心马新贻“威望过轻”，湘军由此愤愤不平，“长江从此多故”？
［曾国藩有一幕僚名邵顺国，邵之妹夫名郑兴仪，一向被曾国藩尊称为“郑世兄”，似乎私人关系非同一般。未及考证曾国藩所送巡捕即是此人。］
当年九月二十日，马新贻到达江宁。九月二十六日，曾国藩向马新贻交卸关防印信。这期间，江苏巡抚丁日昌和湖广总督李鸿章先后赶到南京，面见曾国藩。曾国藩为此奏请“会商公事，暂缓启程”。
十一月初四，曾国藩终于乘船离开江宁，据说“金陵士民焚香酌酒以饯送者，填咽街巷”。如此情形，想来马新贻心中也不是个滋味。
马新贻到两江上任后，立即着手为百姓做了一些好事，比如奏请以宽免钱粮来劝垦招领江南荒废田地，使得编民早得复业。这些措施确实为他赢得了一定民心，他一度很受鼓舞，又提出了“应办最要者六条”，即：培养民生以筹办善后；修筑运堤以宣防河务；清查官亏以讲求吏治；选择将才以整顿绿营；酌留水师以联络江防；恪守条约以办理洋务。当然，他自己心中最清楚，这六条中，“清查官亏以讲求吏治”、“选择将才以整顿绿营”、“酌留水师以联络江防”三条，其实都是有计划地针对湘军的。
为了有效地制衡湘军，马新贻还与手中握有淮军的李鸿章暗中结成了联盟。当时，湘军和淮军的军饷主要来源于两江地区，李鸿章为了保留自己的淮军精锐，主动向马新贻求助军饷。马新贻爽快地答应了，大大增加了淮军的军饷，此长彼消，湘军的军饷自然被相应的削减。如此一来，不提马新贻所谓追查太平天国宝藏下落的秘密使命，单是此一项，便是公然得罪了曾国藩和湘军。军饷减少涉及最切身的利益，湘军中大大小小的人物无不因此对马新贻切齿痛恨，甚至包括那些已经退伍的湘军。湘军戾气本重，最终形成了湘军暗斗马新贻和淮军的局面。淮军尚有旧情可念，马新贻则是有怨无恩，首当其冲。
然而，尽管马新贻采取了种种措施来抑制湘军，但他很快就发现他自己确实是过于乐观了。湘军势力根深蒂固，从军队到后勤自成体系，地方割据局面已经形成，别说他马新贻，就是中央朝廷也绝难撼动。虽然他与李鸿章的淮军暗中结盟，但依旧不过是以军饷的利益为纽带，并非牢不可破。实际上，以李鸿章的性格，马新贻真要出了事情，第一个跑的准保就是李鸿章自己。换句话说，老谋深算的李鸿章其实也是在利用马新贻来对付湘军，只不过他在暗，马新贻在明而已。
在没有有力同盟者和支援者的情况下，马新贻上任两江总督两年多徒劳无功就很正常了。他诸多对付湘军的手段并无任何成效，唯一的结果就是造成了他本人与湘军——尤其是与湘军的嫡系和精锐长江水师——嫌隙越来越深。天津教案发生后，曾国藩处理教案不力而身败名裂——传说天津教案本身就是朝中有人有意针对曾国藩——湘军为此愤愤不平，开始在两江滋事。而天津教案还引发了外交冲突，外国列强以军舰聚集于天津和烟台，对清廷进行武力恐吓。在战争一触即发的情况下，清廷急令马新贻调长江水师布防。本来就有心惹是生非的长江水师自然不肯听从调遣，多有阳奉阴违的事情发生，矛盾和冲突开始表面化了。
所以，不到一个月后，当刺客一刀刺中马新贻的时候，他感到这是他早已经预料到的结局，才大叫了一声：“扎着了！”
不过，刀扎中的不仅仅是两江总督马新贻，还有慈禧太后的心痛之处，以及清王朝风雨飘摇的时局。马新贻遇刺后，举国侧目，疆臣人人自危，朝野为之震荡。
肆、各方反应
马新贻遇刺后，江宁将军魁玉用六百里飞驿紧急驰奏朝廷。奏折送到北京后，十五岁的同治皇帝看了大惊失色，深感骇异，将这一事件比喻为“武元衡盗起身旁”。
［武元衡，字伯苍。缑氏（今河南偃师东南）人。武则天曾侄孙，清雅俊逸如鹤，有唐朝第一美男之称。曾任西川节度使，与名妓薛涛交好。薛涛所得“女校书”的称号，就是他向朝廷奏请所得。唐宪宗时任宰相，因力主削藩，遭藩镇忌恨。元和十年（815）六月初三早朝时，为藩镇派遣的刺客暗杀，号称“唐朝第一惊天大案”。］
次日，清廷连发了四道谕旨：第一，命魁玉督同司道各官赶紧严讯，务得确情，尽法惩办；第二，曾国藩著调补两江总督，未到任以前著魁玉暂行兼署；第三，密旨安徽巡抚英翰加强长江防务和地方治安；第四，著魁玉督饬司道各官，设法熬审，务将因何行刺缘由及有无主使之人一一审出，据实奏闻。
［雍正七年（1729），雍正皇帝在设立军机处的同时，还建立了“廷寄”制度。“廷寄”与“明发”相对应。所谓“明发”，是指皇帝的谕旨由军机处代起草后，先经过内阁，次及于部院，层层下发，无须保密，称为“明发”。而对于需要保密的谕旨，则不经过内阁，由军机处本处密封后，直接交给兵部捷报处，用寄信的形式发出，直达收件人，称为“廷寄”（又称“寄信”）。“廷寄”的内容一般均为机密要事，下发时，根据缓急程度，分为日行三百里、四百里、五百里、六百里，及六百里加快几种。凡给经略大将军、钦差大臣、参赞大臣、都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政的叫“军机大臣字寄”，凡给盐政、关差、布政使、按察使的，叫“军机大臣传谕”。字寄、传谕封口处盖有军机处的印信，封函的表面均注明“某处某官开拆”，只许受命者本人拆阅，不许别人代拆。“廷寄”制度的建立，减少了很多中间环节，加强了中央和地方的联系，大大加快了办事速度；同时，也使得皇帝摆脱了内阁的约束，使皇帝的意志可以毫无阻碍地直达地方。］
因一件事一天之内连发四道谕旨催办，这在清朝的历史上是十分罕见的。四道谕旨的口气越来越严厉，可见清廷一开始就意识到此案非同一般，怀疑张文祥背后另有主谋。
四道谕旨中，最值得关注的是第二道——重新命曾国藩回任两江总督，这是恭亲王奕?的意思。第三道给安徽巡抚英翰的密旨也不容忽视。英翰是满人，不属于湘军一系，而且他本人与马新贻交好，可以说，是目前朝廷在两江唯一信得过的实权人物。秘密交代英翰加强防务，实际上就是预防兵变。可见从一开始，湘军就已经被朝廷放到了怀疑的天平上，现在就要看曾国藩的反应了。
对于曾国藩，执掌大权的慈禧太后和恭亲王奕?都对他没有任何好感。曾国藩之掌握兵权，得力于咸丰朝御前大臣肃顺的倚重和推荐。尤其是后来曾国藩得到梦寐以求的两江总督，全仗肃顺的居间运作。说肃顺对曾国藩有莫大的知遇之恩，一点也不为过。
恭亲王奕?一向与肃顺不和。奕?为咸丰皇弟，才干过人，差点被道光皇帝立为皇储，所以一直被兄长猜忌。咸丰登上皇位后不久，勒令奕?退出军机处，改由肃顺取而代之。咸丰皇帝重用肃顺，明显有牵制奕?的意思。奕?与肃顺从此成为冤家对头。咸丰皇帝病死于承德避暑山庄后，六岁的儿子载淳即位，是为同治皇帝。以肃顺为首的八名“赞襄政务王大臣”受遗诏辅弼幼主，掌管朝政。奕?在皇族宗室中名望最尊，竟然无缘于辅政大臣之列，由此势必要与肃顺等人展开一场权力之争。
而慈禧太后与肃顺的恩怨，则更加是你死我活的局面。昔日汉武帝临死前担心“主少母壮，女主干政”，处死了太子刘弗陵的生母钩弋夫人，肃顺曾经以此故事游说咸丰皇帝除掉载淳生母懿贵妃，也就是后来的慈禧太后。咸丰皇帝一时心软，未能下手。后来慈禧太后知道究竟后，恨肃顺入骨，务必除之而后快。
而肃顺之前曾大力整顿吏治，惩办贪官，得罪的人不计其数。戊午科场案中，力主将主考官、大学士柏葰斩首；又弹劾户部宝钞处与官票所官吏和不法商人因缘为奸，交通舞弊，籍没官吏、商人数十家。他为人刚硬，办事不讲情面，加上恃宠而骄，目中无人，引起不少王公大臣的嫉恨。这些人为了自己的利益，争相投奔到恭亲王奕?或是慈禧太后门下。其中，就包括手握重兵的蒙古亲王僧格林沁和兵部侍郎胜保。
咸丰皇帝临死前虽然将朝政交给肃顺等八名辅政大臣，但为了防止重新出现清朝初年权臣鳌拜欺君专权的情况，又分授私章“御赏”和“同道堂”给皇后钮祜禄氏和懿贵妃那拉氏（实际上是给了小皇帝载淳，但由懿贵妃掌管），即后来的慈安和慈禧太后。这两枚私章作为皇权的象征，代表了至高无上的权力，凡下达诏谕，必须有二章为印讫。由此杜绝了权臣专政，却也撕开了后宫女人干政的口子。慈禧太后时年二十五岁，没有年轻守寡的悲痛，反而野心勃勃，不甘心朝政大权落于肃顺等人之手。刚好此时御史董元醇上疏，以皇帝年幼为理由，请求由皇太后暂时权理朝政。慈禧太后也一心想效法古人，垂帘听政，遂联合慈安太后，努力与肃顺八大臣及恭亲王奕?争权。董元醇上奏的第二天，慈禧太后召见肃顺八大臣，要求他们照董元醇所奏传旨实行。肃顺等“勃然抗论”，并声称自己“系赞襄皇上，不能听太后之命”。双方争论激烈，吓得同治小皇帝啼哭不止，以致“遗溺后衣”。这便是清朝著名的“垂帘之争”。最后，肃顺等以祖制无垂帘之礼为理由，驳回了董元醇的建议。但慈禧太后并未善罢甘休，开始在朝中寻找新的联盟力量。
就在慈禧太后、肃顺八大臣以及恭亲王奕?三方明争暗斗、形成三足鼎立之势时，肃顺心腹幕僚王闿运写信给曾国藩，劝他与肃顺联手，率湘军入北京，阻止慈禧太后的垂帘听政。曾国藩表面对这封信没有作出回应，但内心未必没有大起波澜。
就在这个时候，慈禧太后主动联合恭亲王奕?，在北京发动了辛酉政变，抢先逮捕以肃顺为首的八名顾命大臣。慈禧太后本想以贪污罪置肃顺于死地，不过抄家时才发现肃顺各处家产加起来不到二十万，连恭亲王奕?的十五分之一都不到，最后不得不定了个“假传圣旨”的罪名。八名顾命大臣中，肃顺处刑最重，被立即押赴菜市口斩首，怡亲王载垣和郑亲王端华被迫自尽，其余人则被革职。咸丰十一年（1861）十一月初一，慈禧太后与慈安太后在养心殿正式垂帘听政。由于慈安太后性情“和易少思虑”，不愿多问朝政，朝廷大权遂落入慈禧太后一人之手。自此，这个少年丧父、青年丧夫的女人正式登上了中国的历史舞台。在之后长达四十七年的政治生涯中，她还将经历中年丧子、晚年丧国的不幸。
墙倒众人推，肃顺败亡后，僧格林沁趁机将第二次鸦片战争期间天津的败绩诿过于肃顺。曾国藩对此十分不满，慨叹说：“天下无真是非。”以他阴冷虚矫的性格，加上为人之谨慎，出此言语十分罕见，可见他对肃顺并非如传说中那样没有任何感情。
［咸丰十年（1860），英法两国政府为了在中国掠夺更多的特权，开始积极筹备侵华战争。当年春天，英法两军陆续开到中国。六月中旬，英法联军舰队两次在天津大沽口外集结。当时，清朝负责天津一带防务的为科尔沁亲王僧格林沁。僧格林沁将全部重兵布置在大沽，在北塘一带只埋设了一些地雷，没有布置任何防务。此情况被先期到达渤海湾刺探清军情的俄使伊格纳切夫得知后，密报给英法联军。于是英法联军决定自北塘登陆，再抄袭大沽炮台后路。六月十五日，英法联军顺利登陆北塘，没有遇到任何抵抗，大沽炮台立即陷于腹背受敌的境地。七月初三，英法联军开始进攻大沽口。镇守北岸炮台的清直隶提督乐善率守台将士顽强抵抗后，全部壮烈殉国，北炮台最终陷落。驻守南炮台的僧格林沁见大势已去，率部撤往天津。直隶总督恒福在英军的威胁下，将南炮台及全部军火物资拱手交给英法联军，自己也逃回天津。僧格林沁撤回天津后，认为天津“较之大沽，不啻天渊”，更难扼守，于是将天津炮台大炮拆下，连夜运回北京，小炮及绿营官兵则撤至通州。此举相当于将天津拱手让给了英法联军。七月初八日，英法联军入驻天津，因与清廷谈判无结果，又继续向北京逼进。咸丰皇帝一面派人与英法联军议和，一面令僧格林沁在河西务一带防堵。谈判破裂的当日，僧格林沁兵败，通州失陷，英法联军继续向西推进。八月初八，咸丰皇帝自圆明园逃往热河。八月二十一日，英法联军抵达北京城下，负责防卫的僧格林沁不战自溃，退往西郊圆明园。英法联军尾追不舍，于次日占领圆明园。在进行大肆抢掠后，侵略者放火焚烧了这座世界名园。］
慈禧太后垂帘听政后，不遗余力地铲除肃顺党羽，对肃顺一手扶持的曾国藩自然也没有什么好印象，不过当时湘军势大，清廷又需依赖湘军剿灭太平天国，是以慈禧一直对曾国藩和颜悦色，除了示好笼络外，别无他法可想。
慈禧太后派人抄肃顺的家时，发现了一个大箱子，里面装的是全国各地官员与肃顺的往来书信，各省督、抚、将军、都统等地方政要无不在其中，却偏偏没有曾国藩的。之前肃顺当权时，幕府中有著名的“湖南六子”，其中的王闿运更是与曾国藩交情匪浅。而肃顺“平日与座客谈论，常心折曾文正公（曾国藩）之识量”。这样一个被肃顺经常挂在嘴边的人，却没有一封往来的书信，这是相当可惊可怖的，若非深谋远虑、心机深沉之人，绝难做到。虽然曾国藩由此摆脱了与肃顺的党朋瓜葛嫌疑，但其心计与远见，无疑更让慈禧太后耿耿于怀、坐立不安。后来慈禧太后调曾国藩到直隶、派马新贻到两江，表现得迫不及待，就是不安的明证。
除此之外，清朝自立国以来，便严格防止汉人掌握实权。后来虽然不得已重用曾国藩等汉人官员，清朝显贵心底深处却依旧是汉人只可利用、不可重用，只可使用、不可信用的观点。尤其是对坐大一方的曾国藩，其人有野心独步天下的谣言不绝于耳，怎么能令慈禧太后睡得安稳？正因为她费尽了心机，好不容易才将曾国藩这条潜龙从两江的深海中捞出，搁置到了直隶的浅滩上，但现在又要重新放龙入深海，这又是什么道理？
马新贻遇刺的消息传到北京时，慈禧太后刚刚丧母，正处于悲痛之中，身体也不是很好，政事由恭亲王奕?处理。奕?与慈禧当时正处在面和心不和的时期，他也知道马新贻是慈禧心腹，负有追查太平天国宝藏的秘密使命，因而不敢多说马新贻一案，只是提议让曾国藩回任两江总督。
［慈禧太后姓叶赫那拉氏，小名兰儿，最初以秀女身份入选进宫。她父亲长年在南方为官，那拉氏自幼随父亲生长在南方，擅长唱南方小曲，由此得到咸丰皇帝宠幸。咸丰五年（1855），时为懿嫔的那拉氏“遇喜”（即怀孕），咸丰皇帝欣喜若狂，破例下旨允许那拉氏之母入宫。那拉氏之母入宫照看孕中之女开了清代宫廷先例，后来更被写进《钦定宫中现行则例》中《遇喜》一条：“内庭位有生母者，许进内照顾。”］
以奕?的才干和眼光，自然一眼就看出了事情的关键——他知道被裁湘军流落在两江，多有不法之事，而马新贻赴任两江后认真办事，得罪了一大批湘系的人。马新贻之遇刺，湘军决计脱不了干系。以两江眼下的局面，只有曾国藩回任，才能镇抚得住。
当时曾国藩正在天津处理教案，对洋人卑躬屈膝，杀害中国无辜良民取媚外国，身败名裂，被国人称为“卖国贼”，已经到了千夫所指、众口唾骂的地步。就连一向以出了曾国藩为傲的湖南同乡也将京师虎坊桥长郡会馆、教子胡同湖南会馆等处由曾国藩所题的匾额砸烂焚毁，把凡有“曾国藩”之名者尽数刮掉，以此来表示对其人卖国的鄙夷和唾弃。
［自咸丰十年（1860）《北京条约》签订后，法国天主教传教士在天津望海楼设立了教堂。这种靠侵略强行进入的外来事物，在很长时间内都为有良知的中国人所抵制。尤其是教堂长期以来不断强占民田，拐骗人口，声名很差，更加引发了民众的怨恨。同治九年（1870）五月，设置在教堂附近的育婴堂突然离奇死了三四十名婴孩，教堂偷偷外运尸体时被民众发现，引发了轩然大波。与此同时，天津不断有用迷药拐骗幼童的事情发生，传说与教堂有关。五月二十一日，拐骗犯武兰珍在用下有迷药的红薯糖诱骗幼童时，被民众当场抓获。武兰珍被扭送到天津知府衙门，知府张光藻本不想问案，但见民众群情激奋，不敢不接，只好当众讯问武兰珍及一干证人。武兰珍供出了迷药来自天主教民王三，所拐骗的幼童均交给了育婴堂，王三付给报酬洋银五元。又有亲眼看见死婴尸体的证人说尸体胸膛尽开，心肝俱无，眼珠也被挖去。张光藻怀疑有人借机煽动民心，造谣闹事，但还是同意去找洋人对证。随后，天津知府张光藻与天津道周家勋联名向法国育婴堂发出照会，让他们交出罪犯王三，但是遭到了拒绝。五月二十三日，张光藻、周家勋带着武兰珍和人证来到育婴堂对质。结果，育婴堂里没有王三这个人，武兰珍在法国传教士及教民的指责下也说不出所以然来。张光藻和周家勋只好当场向法国人赔礼道歉，讪讪而退。官府退走后，民众依旧愤愤不平，与教士发生了口角，继而演变成互殴。法国领事馆离教堂不远，领事丰大业（Victor Fontanier Henri）闻讯后勃然大怒，立即要求三口通商大臣崇厚派兵镇压。崇厚不愿意事态扩大，装模作样地派了几名官弁应付了事。丰大业十分不满，带着秘书西蒙（Simon）闯入崇厚的衙门，向崇厚开枪恫吓，幸好没有射中。回去的路上，丰大业刚好遇上闻讯赶来的天津知县刘杰一行。暴怒下的丰大业二话不说，拔枪就射，结果打死了刘杰的随从高升。周围的民众怒不可遏，一拥而上，当场将丰大业及西蒙打死，接着鸣锣聚众，焚毁法国教堂、育婴堂、领事署及英、美教堂，先后打死二十名外国人。这就是天津教案。事件发生后，法、英、美、俄、德、比、西等七国联衔向清廷提出抗议，并调集军舰到天津、烟台一带，进行战争威胁。清廷先是派直隶总督曾国藩赴天津“查办”，又改派李鸿章会同办理。曾国藩、李鸿章判处中国民众二十人死刑，缓刑四人，二十五人充军，天津知府张光藻、知县刘杰也被革职遣戍，向外国赔款白银四十九万两，并派崇厚为钦差大臣赴法国赔礼道歉。］
其实，曾国藩之前主持平定太平天国时，就曾在日记中相继记载了其处理洋务时的主张：“此前英法联军进入北京，不伤毁我宗庙社稷，眼下在上海、宁波等处帮助我大清王朝攻打太平军和捻军。二者皆有德于我。中国不宜忘其大德而计较小怨。”在他看来，英法联军打入北京烧杀抢掠，仅仅因为没有推翻清廷，就是大德。而一系列丧权辱国不平等条约的签订，不过是小怨而已。
在这样的思想原则指导下，曾国藩与外国人打交道时腰杆子就没直过，天津教案只不过是他主张的一个小小体现而已。不幸的是，国人终于在这次教案中看清了他的嘴脸，他本人靠平定太平天国积累起来的声名，最终在这次教案中毁于一旦。
更令曾国藩忧心的是，天津教案其实是因谣言和起哄产生的暴力冲突，之所以闹得一发不可收拾，是因为有直隶提督陈国瑞在其中挑拨离间、造谣生事，因而这件事还不仅仅是中国与法国之间的外交纠纷这么简单。陈国瑞当时正受醇亲王奕（道光皇帝第七子，光绪皇帝生父，福晋为慈禧亲妹）宠信，风头极劲。台湾著名史学家吴相湘（湖南常德人，于2007年病逝于美国，享年九十五岁）在其著作《晚清宫廷实纪》中指出：天津教案实为醇亲王奕指使与曾国藩素有积怨的陈国瑞所为。自蒙古亲王僧格林沁为捻军杀死后，八旗子弟自动集中在醇亲王周围，意图恢复昔日八旗劲师雄风，与湘军、淮军抗衡。醇亲王甚至还与僧格林沁的儿子布颜纳谟诂结成了儿女亲家。醇亲王策划天津教案的主要目的，就是要打击曾国藩（直隶总督兼任北洋大臣，须常驻天津办理洋务）。而醇亲王背后的支持者，自然就是他的妻姐慈禧太后。
［陈国瑞，湖北应城人。少年时曾被太平军掳为童子军，后改投湘军将领黄开榜，被黄收为义子，因骁勇善战、性嗜杀，成为轰动一时的勇将。陈国瑞有一句名言说：“战要战得稳，追要追得狠，退要退得紧。”后加入僧格林沁部，极得信任，与僧王情若父子。僧格林沁被捻军杀死后，身负重伤的陈国瑞本已侥幸逃脱，闻讯后又冒死潜回，找到僧格林沁的尸体背上，昼伏夜行，七天后才回到军营，在当时传为佳话，因而“僧战死，从将多获罪，国瑞以骁勇独留军”（吴相湘：《近代名人小传》）。不过陈国瑞为人桀骜不驯，喜鸦片，好美色，加上自恃功高，自僧格林沁外，罕听节制，且不约束部下，时常与友军争夺军饷枪械，与曾国藩、李鸿章、左宗棠等人多有冲突，因而总被这些重臣刻意压制。后来他出钱助修黄鹤楼，拟一对联道：“黄鹤飞来复飞去，白云可杀不可留。”时人均不解“白云”之意。陈国瑞自己解释说：“君未读唐诗乎？‘总为浮云能蔽日，长安不见使人愁。’浮云比安禄山，非其可杀者乎？”（清王之春：《椒生随笔》）有一种说法，陈国瑞笔下的“白云”即是指曾国藩，以致一度传出他酒后持剑追杀曾国藩的故事。事见清人吴光耀所著《华峰庚戌文钞》。吴光耀为湖北人，与陈国瑞同乡，曾在四川为官。《华峰庚戌文钞》主要是记载同治、光绪年间名将轶事，对曾国藩等湘人多有责言，而为鄂人鸣不平。］
就在同治八年（1869）的七月，也就是刺马案发生整整一年前，慈禧太后亲信太监安德海奉差出京，到处招摇滋事，被山东巡抚丁宝桢逮捕后就地正法。这件事，毫无疑问是朝中另一主事者恭亲王奕?针对慈禧太后所为。安德海事件在一定程度上昭显了慈禧太后在朝中的孤立。自那以后，这位秀女出身的太后开始全力扶持自己的妹夫醇亲王奕，意在与恭亲王和汉人重臣抗衡。有了慈禧太后的庇护，醇亲王为所欲为；有了醇亲王的支持，陈国瑞也敢在直隶境内兴风作浪。后来法国人查清天津教案跟陈国瑞有关后，要求曾国藩交出陈国瑞，态度坚决而强硬。而曾国藩明明痛恨陈国瑞这种人，却因为深知其背后有人，不敢得罪不说，反过来还要在洋人面前全力斡旋维护，真是哑巴吃黄连，有苦说不出。
正因为天津教案有着种种错综复杂的背景，从一开始，曾国藩就知道这案子不但是针对他，还要他本人来背这个黑锅。内外交困下，如同多年前战败于太平天国、几欲投水自杀时一样，曾国藩再一次有了强烈的挫败感，沮丧地说：“内疚神明，外惭清议。”据说正好到了“耳顺之年”的他已经做好了死的准备，甚至催促儿子赶紧为自己准备棺材。而在天津教案后不久就发生了刺马案，这显然不是巧合，二案即使没有直接联系，也必然有连带关系。
马新贻被刺的消息就在曾国藩最焦头烂额的时候传到了天津，他的第一反应是大吃一惊。平心而论，曾国藩确实不喜欢马新贻，但毕竟大清总督在光天化日之下遇刺身亡是前所未有的事。以他在枪林弹雨中度过的十几年，以他经历的种种官场黑幕，他深知此案绝非一般凶杀案件。其中的玄机是什么？背后又有什么阴谋？为什么朝廷偏要他处理这等棘手之案？
马新贻的死亡带给曾国藩的苦恼比以往任何时候都更为强烈。连续几天，他夜不能寐，成天阴沉着脸，许多时间都是一言不发地呆坐。思前想后，曾国藩决定不趟这摊浑水。于是提笔上书，以身体有病为由，拒绝回任两江总督。清廷的答复很快回来了——曾国藩必须赴两江之任，直隶总督由李鸿章接任。很简单，很干脆，没有任何选择的余地。
李鸿章也在这个时候写信来安慰曾国藩，其中尤其提到了刺马一案，说：“谷山（马新贻的字）近事奇绝，亦向来所无。”毫不迟疑地表达了对马新贻在光天化日之下遇刺的震惊。但紧接着又立即说：“两江地大物博，断非师门莫办。”一方面是劝曾国藩赶紧回任两江总督，另一方面也是交底，表明自己对两江绝无染指之心。这两句话紧连在一起，实在耐人寻味。
不过安慰归安慰，精明的李鸿章并不想真正去帮助恩师曾国藩解决烦恼，他甚至在这个时候玩起了“痞子腔”（安徽话，意为耍流氓手段）。曾国藩因处理天津教案不当正备受天下人唾骂，李鸿章担心自己卷入其中后也会受到时论的谴责，因此在到达直隶边境后便借口肝病复发停了下来，一面写信给曾国藩，表示支持曾“拿犯”，另一方面又公开表示要等恩师将天津教案“凶犯”议罪正法后再到天津接任，以免“初政即犯众恶”，意欲等曾国藩收拾好天津教案的乱摊子后再说。昔日曾国藩曾对李瀚章（李鸿章亲兄长，曾国藩亲信）评价李鸿章说：“青出于蓝而胜于蓝。”显然，此时的李鸿章在玩弄手段方面确实已经超过了他的老师。曾国藩虽然失望，却也无奈，只好将处理天津教案的结果定拟上奏，自己背了黑锅。
但曾国藩也是老奸巨猾之辈，他虽然被迫接任了两江总督，但却故意拖延时间，正好以等待李鸿章来天津交接为由，迟迟不动身南下。一直到九月二十三日，他才动身离开天津，不过也不是南下两江，而是前往北京。显然，曾国藩此举旨在刺探朝廷对马新贻被刺一案的态度。
九月二十五日，曾国藩到达北京。次日早朝时，同治皇帝和两宫太后在养心殿召见曾国藩。皇帝和慈安太后都没有说话，只有慈禧太后问了几句关于身体和病情的话，无关痛痒。正当曾国藩纳闷之时，慈禧太后终于提到了马新贻，问道：“马新贻这事岂不甚奇？”曾国藩诚惶诚恐地回答道：“此事甚奇。”慈禧太后沉默了一会儿，又说：“马新贻办事甚好。”曾国藩回答说：“他办事和平精细。”本来以为还有下文，不料慈禧太后突然挥了挥手，叫他跪安退出。
九月二十七日，慈禧太后又在养心殿召见曾国藩。曾国藩竖起耳朵也没有听到“马新贻”三个字，慈禧太后只是问到他何时启程前往两江，隐隐有催促之意。但曾国藩依旧模棱两可，逗留于京师，迟迟不肯动身。
十月初六，终于有军机大臣前来传旨，催促曾国藩赴江南任。十月初九，曾国藩递折请训，传宣召见，奏对十数语。出乎他意料的是，慈禧太后再未提起任何与刺马案相关的话头。
此时，距离马新贻被刺已经有两个多月。与最初朝廷一日发四道谕旨追查马新贻案形成鲜明对照的是，朝廷突然表现出异乎寻常的冷漠，再未有催曾国藩办理马新贻案的谕旨。曾国藩先后在天津和北京逗留盘桓，有意拖延时间，朝廷也没有丝毫催促，任其耽搁。似乎曾国藩在试探朝廷态度的同时，朝廷也在试探他的反应。
曾国藩在朝中四处刺探，始终感到朝廷似乎对马案并不关心。这实在是令人费解，马新贻作为慈禧太后心腹被派往两江，却莫名其妙地死在当地，朝廷明明该大加追索报复，却为何没有要将案子查到水落石出的意思？不过，既然朝廷是这样的态度，他曾国藩也不会自找麻烦，非要去追查到底，而是马马虎虎过去就行了。但明里对朝廷可以这样敷衍了事，暗里对他自己还需有个交代，他个人实在是很好奇，到底是什么人能在戒备森严的校场将封疆大吏一刀杀死。思考了很久后，他给驻扎在江宁的心腹彭玉麟写了封信，让他先秘密查访事实真相。
曾国藩在京师时，刚好赶上他本人的六十大寿。一时间极为热闹，同治皇帝亲笔御书“勋高柱石”匾额一面、御书福寿字各一，慈禧太后御赐蟒袍、如意等贺礼，荣耀无比；军机处在法源寺设盛宴为曾国藩祝寿；湖南同乡则在湖南会馆为他祝寿。
觥筹交错之中，醺醺然之际，曾国藩似乎又回到了昔日幕下宾客如云的日子，回到了昔日从太平天国手中夺回南京的时候——那个时刻，是他一生中最鼎盛最辉煌的时刻，写有“曾”字的旗帜飘扬于大江南北。连一向出言谨慎的他也得意得忘了形，高兴地说：“长江两岸，无一处不张鄙人的旗帜。”
他又想起了那个他为之欣赏又为之惋惜的忠王李秀成。此人确是个人才啊，太平天国中无人能及。据说曾经有不少太平军将领力劝李秀成自立，取代天王洪秀全，但李秀成勃然大怒，还写了两首诗抒发胸臆：
举觞对客且挥毫，逐鹿中原亦自豪。
湖上明月青箬笠，帐中霜冷赫连刀。
英雄自古披肝胆，志士何尝惜羽毛。
我欲乘风归去也，卿云横亘斗牛高。