而郑家则以他们的船队以及水手另外投入现银三百万两，作为股本，占有集团公司的百分之十五的股份，并且由郑芝龙出任第一任贸易集团公司总督，来全面主持公司业务的开展，其余郑家的人则按照其各自的强项，负责其他一些分部门的事务。
另外百分之三十的股权，则面向国内各个海商募集，将其他海商也收纳到公司之内，成为公司的小股东，参与到公司的运营之中。
而公司的资金必须要通过中华银行来进行运转，如此一来，等于是一方面将大量公司资金纳入到了中华银行的监管体系之中，也为中华银行提供了大批运转资金，使得今后中华银行的业务更加容易开展，同时也将更方便推行中华龙钞，彻底改变以往大明朝以银子和铜钱作为结算的方式，无形之中也可以加快大中朝在财政上对南方新收复的土地的财政控制。
在经营方式上，今后国内商人如果想要出口商品，便必须要通过海上贸易集团公司统一定价收购，保证国内商人在同样的商品上，为了出口而出现竞相压价的弊端，一则保证国内商人的利益，同时也可以获得对外贸易的定价权。
而进口商品则也需要通过海上贸易集团公司来统一负责，货比三家之后，采购质量最优，价格最低的商品，通过各个商埠进入内地批发给国内的分销商。
这么做有很大的好处，那就是国家可以有效的控制出口商品的品种，保证一些受限制的商品不会被走私出去，同时还可以让内地出口商品获得一个比较好的价钱。
虽然这么做是赤裸裸的国家垄断，但是在这个时代，这种手段是为国家积累财富的重要手段，利远远大于弊。
一旦公司获利之后，便可以按照股份进行分配，虽然大中朝官方拿走了大头，但是剩下的那百分之四十五的利润，还是一笔极其可观的财富，足以让郑家和参股的商人赚的盆满钵满了。
如此一来，肖天健也就利用这种手段，将郑家和其它海商的利益绑到了国家利益的战车上，他们只要想赚钱，就离不开国家的支持，而且他们不管是进口还是出口，都要依靠陆上的渠道，想要独立出去，就基本上不可能了，一旦他们有什么想要另开分号的想法，大中朝只需取消他们的进出口权力，他们便立即会被掐住脖子，活活的被扼杀掉，故此他们这些人今后只要想赚钱，就必须和国家合作，否则的话一切都是白搭，这也就消除了他们成为一个个小的海上军事集团和国家对抗的危险。
对于肖天健提出的这些章程，郑芝龙虽然觉得郑家占有的股份有点少，但是仔细算一下一旦今后大中朝开海通商之后，海上贸易的规模将会是一个天文数字，即便是只占有其中百分之十五的股份，获利也将是巨大的，绝对可以远超过他们之前的收入水平，这么一来，他们既不用再担心会被朝廷给打压，也不用整日间殚精竭虑考虑着怎么和朝廷对抗了，只要安安心心的做好生意，他们郑家今后还是可以获得无数的财富，这件事对于他们郑家来说，也是再好不过的事情了。
于是在肖天健提出来这些事情之后，郑家上下屁也没放一个，便满口答应了下来，一个个对于之前没有得到官职而愤懑不已的情绪，顿时彻底一扫而空，变得各个都精神振奋了起来，一个个摩拳擦掌恨不得马上便下去开始准备去，赶紧把这个海上贸易集团公司给办起来，赶紧赚大钱去。
而在肖天健的提议之下，从户部调派一个人出任集团公司首任财务总监，这个人不是旁人，正是最早跟着肖天健起事的老人，靳同靳夫子。
靳夫子自从肖天健当年在阳城县立足之后，因为他天生不是那种善于上沙场征战的人，他这个给有钱人家当账房先生出身的人，最擅长的还是管钱，于是便逐步的从军队转到了后勤财政方面。
后来肖天健有了范雨桐这个贤内助帮他打理财务之后，靳同作为肖天健最信任的老人，便在范雨桐手下做事，为当年刑天军的崛起也暗中出了不少力。
而且范雨桐按照肖天健的想法，组建中华银行的时候，靳同也是组建中华银行的元老之一，熟悉中华银行的一应运作事务。
肖天健登基，大中朝建立之后，靳同又进入到了户部之中，当了一个金部主事，虽然官职不高，但是却始终掌握着很大的财政权力，这么些年下来，早已成为了一个善于控制大规模资金的管家了。
对于靳同，肖天健是非常放心的，这么多年合作下来，他深为了解靳同的性情，此人对他十分忠诚，有他出任海上贸易集团公司的财务总监之职，郑芝龙主持日常事务，他负责财务管理，便可以将贸易集团公司置于朝廷官方的管理之下，不用太过担心郑家在其中大做手脚，倾吞利益了。
对于肖天健委派朝廷的人管理财务，这件事郑芝龙也没什么好说的，毕竟朝廷才是控股方，财务管理不可能也托付到他们郑家人手中，这个道理谁都是明白的，而且肖天健也说了，今后公司成立之后，每个月财务部门都会出具一份详尽的财务报表，给股东方进行审阅，一切公开透明，让大家心中有一个明白账，他对此也没有什么可反对的。
于是这场酒宴一直进行到了后半夜，最终肖天健才和郑芝龙谈妥了大部分事情，虽然这还只是一个框架，但是主要的事情该说的都已经说过了，就连靳同也连夜被招至了宫中，接受了肖天健的委任，参与了一些事务的谈判，至于具体的细节，今后自有付德明这个户部尚书和郑家联手来做了。
公司章程之类的东西今后逐步可以建立起来，肖天健只要再详细的看一遍，修改一下就可以把这个海上贸易集团公司给成立起来了。
可以说郑芝龙此次南京之行，结果让肖天健和郑家上下都非常满意，肖天健消除掉了郑家这个潜在的威胁，而郑家也获得了今后可以继续发财发展的途径。
当然这个时代海上行商，不可能不牵扯到军事力量，因为战船和商船这个时代还没有明显的区分，商船为了保证在海上行动的安全，都会进行一定程度的武装，但是只要是纳入到集团公司体制之下，那么这样的武装便是官方的武装，而不再仅仅是郑家的私人武装了。
对于肖天健和郑家联合成立这一个海上贸易集团公司之事，其实朝廷的内阁也早已商量过了，虽说开始的时候内阁大臣们有点不理解，但是在肖天健的详细解说之下，他们还是意识到了其中的巨大好处，如此一来，朝廷既可以控制海上通商贸易，而且国家还可以通过收取税金和分得巨额贸易利润获取巨大的财政收入，另外最重要的是可以通过这种手段，消除掉对郑家集团的担心，好处之大，是他们之前都从来没有想到过的事情，于是内阁大臣们最终便全票通过了这项决定，各部都表示愿意配合组建这个海上贸易集团公司。
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第一百八十六章 多喜临门
随着郑氏集团的投降，对于永历这个南明小朝廷来说，打击是非常巨大的，他们彻底失去了一个巨大的助力，而且海上随着郑氏集团的投降之后，也掐断了他们继续在海上获取财源的可能性。
而大中朝在解决了福建郑氏集团这个大麻烦之后，更是腾出了更多的兵力调入到了广东开始对永历小朝廷发动了攻势。
永历小朝廷的军队在大中军的猛烈进攻之下，只能是节节败退，不断的将他们控制的地盘丢掉，先是整个广东被大中军攻占，进而大中军在年底之前，又攻入到了广西境内。
永历帝眼看广西不保，于是只得继续逃窜，转而在过年的时候，逃入到了云南境内，使得大中军在天元三年二月的时候，便控制住了广西全境，将整个永历小朝廷的势力范围压缩到了小小的云南境内，使得永历小朝廷江河日下，再也无力反抗了。
而肖天健在天元三年三月，下令调集善于在山地作战的各路人马共十万余人，对云南永历小朝廷发动了最后一击，各路人马兵分三路，从广西、贵州、四川三地开始进兵云南。
永历小朝廷的军队根本无法抵抗兵强马壮的大中军，而且云南各地土司也都接到了大中朝的圣谕，告知他们只要投顺大中朝，今后对于他们这些土司会宽以对待，否则的话，大中军一到，必令其灰飞烟灭。
这些土司也都不傻，眼巴前看着大明已经完了，仅剩下永历小朝廷还在最后进行着微弱的抵抗，在云南苟延残喘，大中军兵势之强，也让他们根本无法与之相抗，与其跟着永历小朝廷，在大中军来了之后被灭族，倒还不如倒戈赶紧找一条出路，对于中原王朝的更迭对于他们这些土司来说，影响不算是太大，只要他们表示顺服，今后便还可以继续给大中朝打工，所以云南各地土司在这个时候也纷纷宣布投顺大中朝，并且集结土兵，帮着大中军对付永历小朝廷的军队。
结果是短短三个月的时间，永历小朝廷的军队便纷纷被大中军击溃，降的降死的死，永历帝也不得不卷铺盖继续走人，眼看着中国境内已经基本上都被大中朝控制，他已经是逃无可逃，于是永历帝便在几百名忠心耿耿的侍卫的保护之下，从云南逃入到了缅甸王国境内。
大中朝天元三年五月，云南宣布全境归服大中朝，至此肖天健的大中朝也完成了对整个南方的控制，包括海南岛在内，五月间大批大中军海军在雷州出发，渡海在海南岛登陆，海南岛上的琼州府三州十三县的官员心知无力反抗，于是一个月不到的时间，便纷纷宣布归降大中朝，接受大中朝的统治。
消息传到南京城之后，朝野顿时一片欢腾，每个人都长长的松了一口气，奔走相庆，庆贺大中朝自此之后，总算是可以安稳下来了。
肖天健得知云南和海南岛都被收复的消息之后，也立即开怀大笑了起来，当即便在宫中设宴庆祝，当晚险一些喝的酩酊大醉。
他之所以这么高兴，除了收复了整个南方诸省，平定了永历之乱以外，还有几件事情让他非常高兴。
一个就是去年他下旨筹建的大中朝南京太学院在年后终于在南京城外落成开始授课，第一批从全国各地遴选出了近八百名学子入学，成为了历朝历代规模最大的一次太学招生，而且今后每年还会继续从全国招录同样数量的学子入学，学制四年，四年之后太学的生员数量将会达到三千人的规模，虽然这比起后世任何一座三流大学的学生数量都要少，但是这毕竟是刚刚起步，下一步北京太学院也将开课，招录学子数量也会达到数百人之多，再有几年时间，大中朝缺乏合适官员和专业人才的情况便会大幅缓解下来，为中国今后的兴盛打下了基础。
二一个好消息就是在经过半年时间的筹备之后，中国海上贸易集团正式在广州府成立了起来，按照肖天健当初和郑芝龙约定的条件，朝廷户部要拿出一些股本投入到集团公司之中，但是户部眼下到处都是用钱的地方，根本无法一下便拨出这么多资金投入进去，于是在肖天健的授意之下，户部通过发行高利率债卷募集资金，轻松便募集到了三百万两白银，折合成大龙银元也就是三百万元，另外投入各种海船一百五十余条，加上广州、潮州、泉州、温州、宁波、松江府、胶州、登州八处开埠所需的港口码头所需用地，通过折算之后，作为国家股本投入到了贸易集团之中，再加上郑家三百万两白银和一百二十条海船入股，以及另外共一百二十个商贾共同入股的五百万两白银还有各种海船一百五十余条，共同撑起了这个中国历史上第一个官私合办的集团公司，宣布开始营业！
而且户部所辖的海关总署也在年前成立起来，负责管理各地开埠港口进出口贸易事务，而且大中朝下旨宣布禁止一切私人船只，从其它港口出海行商，必须要经过设在这八个商埠的海上贸易集团公司来对进出口贸易进行统一管理，并且接受各地海关的检查审核，缴纳税金之后，方可进行交易，而且宣布葡人所占据的澳门为非法商埠，任何中国商人都不得再继续在澳门和洋人进行商品交易。
所有洋人必须要通过各个商埠，和大中朝进行进出口贸易的交易，否则的话变为非法，大中朝海军一旦发现有人私下靠泊非通商商埠进行贸易的船只，有权查扣船只，抓捕违法之人。
通过这样的手段，将整个中国对外贸易统一管理起来，如此一来大中朝今后单单是商埠海关收取的税金一项，就会是一个天文数字，而且随着海上贸易的扩展，今后这样的收入会越来越高，这还不算贸易集团之中国家股本带来的收入，今后大中朝单是在海贸这一项上的收入，恐怕每年最少也要达到千万两白银以上，而且还会呈几何增长越来越高，粗算一下之后，户部的官员们的嘴巴险一些都笑歪了，今后他们总算不用天天再为扣着算着花钱发愁了。
再者就是通过各大船厂的努力，那些来自欧洲的造船工匠们在高额的薪酬之下，也没有藏着掖着，通过半年多的努力之后，不但将早期建造的两条西式三桅帆船建成下水，而且还在船厂的大力配合之下，加上已经跟着他们学习了大半年的大批中国工匠们业已熟悉了西式帆船的建造方法，他们在南京造船厂和宁波造船厂同时开工建造了四条排水量在五百吨左右的新式加利恩帆船。
这几条帆船之中的一条也刚刚在南京造船厂建成下水，肖天健作为中国皇帝，得知消息之后，亲自前往南京中华造船厂为这条船主持了下水仪式，甚至于按照中国传统，还请来了僧侣为这条船进行了一次祈福。
这种加利恩帆船正是眼下欧洲海上列国装备众多的一种优秀的海船，船体比起克拉克帆船更狭长一些，降低了船首和船尾的船楼高度，提高了船只在恶劣海况之下的稳定度，而且随着船身长宽比的加大，使得两舷可布置的火炮更多，在海上的航速也加快了许多，西方人正是用这种船来往于欧洲和东方乃至是世界各地，同时也用这种船作为战舰，争夺海上的利益。
而南京中华造船厂所建的这艘加利恩帆船，可以同时装载二十门二十四磅炮和十二门十二磅炮，在船首船尾处还可以另外承载几门小型的佛朗机炮，作为对付小船的一种手段，起码在这个时代的中国，这条船暂时没有敌手了。
只可惜的是这种船因为建造的时候，因为中国不产橡木，能作为替代品的柞木也没有大料，所以只能用其它木料替代，而且前期因为在郑家投降之前，没有打通海上通道，也无法大量从南洋采购进来优质木材，所以临时作为替代品使用的多为在本地可以找到的樟木、松木和杉木，如此一来，在坚固程度上可能暂时还没有办法和欧洲采用橡木制造的战船相媲美。
但是即便如此，肖天健看罢了这种新式的西式加利恩帆船之后，心中也非常高兴，他现在最重要的是先让中国的造船工匠们学会建造西式帆船，从中掌握西方国家最先进的造船技术，至于木材问题，今后逐步通过从南洋采购和解决掉建奴之后，从东北也可以解决，今后这都不是什么大问题，只要他坚持对造船业不断的加大投入，想来以中国眼下的财力物力和人力，很快便可以建造出大批这样的优秀海船。
于是他亲自为这条船取名为“搏浪号”，希望此船今后能载着中国人远帆大洋之上，搏击风浪，为中华开创一个大海上的新纪元。
除了这些好事之外，机器制造厂那边也传来了好消息，肖天健亲自主持设计的几种水力机床，除了最早的镗床之外，现如今车床、刨床和冲床，在历经多次试制失败之后，也都在天元三年头几个月之中取得了突破性的成功，开始能投入使用了，只差铣床目前还在继续试验之中，尚未最后取得成功，不过初步判断，离成功也不算远了。
这些水力机床的试制成功，对于今后大中朝的工业化发展无疑将会起到重大的作用，使得大中朝起码在机械制造业方面，已经站在了这个时空技术的最前沿。
虽说现在这些尚有些原始的机床存在的问题还很多，特别是零件精度不够，质量也因为材料的原因不能很好的得到保证，但是今后随着冶炼业的发展，材料也会越来越好，加上这些原型机床的投入使用，用机械取代手工来对这些机械进行复制，之后所制成的零件精度也会越来越好，这样一来，用不了多少年，大量的机床便可以投入到各个产业之中发挥作用了。
除了这些好消息一个接着一个的到来之外，肖天健的家里面也传出了好消息，范灵儿在生下了肖天健第一个女儿之后，于年前再次承受雨露花开结果，再一次怀上了孩子，而且范雨桐也在年后也又为肖天健怀上了孩子，这一下他肖天健的家最晚在年底之前，便又要添新丁了，对于生孩子这件事上，肖天健现在可没有什么想计划生育的念头，是来者不拒多多益善，他在这个时空之中，根本没有什么亲人，有的只是这三个妻妾，现如今这三个妻妾各个为他生下了儿女，这便是他最亲的人了，所以范灵儿和范雨桐的再次怀孕，让他高兴的合不拢嘴。
现如今永历之乱业已平定，整个南方诸省都归于了他大中朝的统治之下，虽说各地尚会时不时的有一些大明余孽跳出来捣乱，可是在万众思安的大趋势之下，这些试图恢复大明统治的家伙不过只是些跳梁小丑罢了，面对着大中朝强力的镇压，各个都飞速的灰飞烟灭，连一点大点的水花都没有能掀起来，这大明是如何都翻不了身了，这让肖天健如何不高兴呢？
于是这才有了肖天健在南京大宴群臣，喝了个东倒西歪的事情发生，如果不是侍卫和内阁大臣照应着，肖天健保不准便会当场出糗了。
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第一百八十七章 大裁军
也就在万众皆以为大中朝今后会彻底安生下来，全力恢复各地农经的时候，内阁大臣们也在商议着要裁撤一些兵马，准备将精力全都投入到恢复各地经济民生的事情上的时候，海军方面和海上贸易集团都提出来，发动一次大规模的攻势，要将台湾岛拿下来，将盘踞在台湾岛上的荷兰人逐出台湾岛的时候，肖天健却在内阁会议上表示了反对的意见。
对于裁撤过剩的军队问题上，肖天健并未反对，经过这么多年的南征北战之后，大中军也膨胀的非常厉害，经过粗略统计下来，各地的大中军这几年来，为了加强对各地的统治力度，不断的进行征兵，再加上不断的收服各地的乱军和明朝旧部，即便是大中军一边打一边裁撤遣散闲杂人员和老弱残兵，也使得大中军到了天元三年夏季的时候，已经达到了空前的近百万的数量了。
百万大军对于后世也许算不上太多，可是在这个时代，却是一个恐怖的数字，以这个时代的生产力来说，即便是大中朝所辖人口已经过亿，但是一百多个人养活一个兵还有十几万匹各种骡马，对于新立的大中朝来说，无疑是一项非常沉重的负担，何况现在大中朝也是处于百废俱兴的阶段，要花钱的地方太多太多，而且肖天健一心一意要尽快打造出来一支强大的海军，这海军可是纯烧钱的兵种，不裁撤掉大批陆师的话，无论如何也架不住这样的消耗。
再加上当兵的基本上都是青壮年劳力，现在大中朝百废俱兴，大批撂荒农田需要重新复耕，因为前期农业因为天灾战祸遭受破坏严重，耕牛大批被杀掉，农耕更需要以人力为重，可是这么多青壮被征做兵卒，这对于大中朝今后的复苏也非常不利，所以裁撤各地陆师便必须要尽快展开。
所以肖天健也同意内阁大臣们提出的裁军计划，将现有的百万大军裁撤掉三成甚至于一半，令其卸甲归田。
但是内阁大臣们提出的裁军计划，却遭到了兵部上下的反对，他们的理由也很充分，现如今各地刚刚平定，还有许多大明余孽在蠢蠢欲动试图复国，西北方面还有李自成余孽尚未尽数被讨平，而且这些大中军兵将之中，有许多人为大中朝出生入死，现在刚刚立国不久，便要将他们赶回家，这么大批的兵将一旦安置不好的话，便又会成为不稳定因素，使得刚刚稍稍平定下来的局势重新糜烂。
而且永历现在逃入缅甸，北方还有建奴和蒙古人的事情没有解决，下一步肯定还要在北方动兵，所以眼下大批裁撤陆师并不合适。
对于军方的态度彰显出了文武之间的严重分歧和矛盾，这是一场博弈，而肖天健无疑便是这场文武之间的博弈的裁决者。
对此肖天健考虑再三，多次和内阁以及兵部方面进行商量，但是最终肖天健还是下旨，对各地军队进行一次大规模的整编，但是对于裁撤兵马数量，采取了分批裁撤的方式，在本年度也就是天元三年之内，各路兵马现行整编裁撤两成兵马，将军中一些老弱兵将先行裁撤，令其卸甲归田。
当然这次裁军也并非简单的将这些兵将遣散回家务农便拉倒了，对于裁撤兵将，肖天健要求给予厚待，特别是对那些有功的将士，更要给予厚抚，根据其军阶不同，给予数量不等的遣散费。
另外这些兵将遣散之后，要返回原籍进行安置，各地官府要妥善对其进行安排，绝不容许出现让兵将们一回家便立即陷入到饿肚子的境地之中。
好在中国经过这次大变之后，原来各地被大明皇亲国戚以及一些勋戚权贵大量兼并的土地，现如今已经基本上都被收归了国有，这些土地除了可以安排原来大批的失地流民之外，还有不少的剩余，故此撤编遣散兵将返回原籍之后，可按照朝廷的要求，每人可根据田地的厚薄不同，获取到数量不等的田地，作为他们今后养家糊口的基础，而且朝廷对于这些遣散回乡的兵将，还给予免征两年的特殊优待，尽可能的减少这些兵将们返乡之后所产生出的不稳定因素。
另外大中军之中，还有一大批情况比较特殊的人员，那就是这些年来俘获的敌军，因为担心这些俘虏一旦遣散马上变成流匪，所以这些俘虏们也多被编列为辅兵随军看管听用。
对于这一批俘虏，自然不可能像大中军兵将那样得到厚待，但是就地遣散也不是办法，肖天健便提出了一个建立建设兵团的想法，将这批俘虏调至一些边境地区，准其将家人也带上，一起前往这些偏远之地进行编管屯耕。
北方因为天灾战祸的原因，原来边境地区很多地方重新变成了荒芜之地，对于土地的利用率远没有后世那样的见缝插针般的密集，所以还有大量的荒地可供屯耕，可是既然是偏远之地，生存条件肯定要相对恶劣一些，普通的民众是不愿意轻易便去这些地方落户的，唯有通过强力政策，先将一些俘虏送到这些地方安置，带到这些偏远之地各种生存条件改善之后，方能推出各种优惠政策，吸引内地百姓移民，这个办法也是对偏远地区开发的一个不错的办法。
肖天健提出这个想法之后，立即便得到了文武两方的支持，于是在天元三年下半年的时候，大中军便开始了正式的裁军。
一批批俘兵开始被拖家带口的遣送往了各地的偏远地区，而一些老弱残兵也开始在领取到遣散费之后，逐步的返回原籍接受安置，虽然这裁撤遣散这么多兵将，对于大中朝来说，一下便要支出一大笔银子，但是为了今后大中朝的长治久安，户部方面还是想办法咬着牙将这笔钱拨了出来。
但是作为遣散人员，诸军之中的那些在各地讲武堂结业的学员兵们，却被肖天健要求尽数保留了下来，这些人乃是肖天健好不容易培养出来的职业军人，不同于一般招募的兵卒，他们每个人都接受过严苛的训练，对于大中朝和肖天健都非常忠诚，战场上表现的也非常勇敢，一旦将他们裁撤回家，那可就让肖天健心疼大了。
趁着这次南方平定和裁军的机会，肖天健又一次对大中军进行了一次结构性的调整，对大中朝各地军队进行了重新编列，按照原来大中军推行的五五编制，对诸军进行再一次的整编。
大中军现在基本独立作战单位是师一级的作战单位，每个陆军师除了编入五个标准战兵营之外，还另外编入一个师属斥候连，一个师属炮兵营，一个师属辎兵营，一个师属工兵连。
而一个营则下辖五个战兵连，一个斥候小队，一个营属炮兵连，如此类推，使得一个整编师齐装满员的话，兵力达到一万人左右。
另外在师一级的作战单位之外，增设一个团一级的独立作战单位，通过裁撤一些部队的同时，以留下的人员组成独立骑兵团、独立工兵团、独立炮兵团、独立辎兵团等独立兵种的部队，平时不编入作战师，但是在战时可随时按照需要，将这些独立团编入到作战集团之中，作为补充和加强使用。
对于多出的人员进行裁撤，不足的人员进行以其他军中裁撤之后留下的精兵进行补充，使之都达到齐装满员状态。
原来大中军共划分成了四个镇军外加一个战区，另外还有一个直属近卫军，这一次趁着整编的机会，肖天健又一次对大中军进行了重新划分。
取消镇军称呼，并且效仿后世称呼，将镇军改称为军区，成立西北军区、中原军区、北方军区、西南军区、东南军区、辽东军区以及一个近卫卫戍军区，共七大军区。
军区长官的称呼也改称为军区司令长官，下设一个参谋长直领一个军区参谋部，另设两个副司令长官，来构成军区指挥系统，根据其作战任务的强度不同，各辖四个到七个作战师不等。
西北军区还是主要负责陕西、山西一带的防务，司令长官继续由阎重喜担纲。
北方军区主要负责河北、宣大、山东一带的防务，司令长官由刁正担纲。
中原军区主要负责河南、湖广、南直隶一带的防务，司令长官继续由刘宝担纲。
西南军区则主要负责四川云贵三省的防务，司令长官由李栓柱继续担纲。
东南军区则主要负责浙江、福建、两广一带的防务，司令长官由石冉担纲。
辽东军区则主要负责辽东一带的军务，司令长官由罗立担纲，但是暂时辽东还被建奴控制，辽东军区暂时驻于已经改称为北平府的顺天府和永平府，一部分暂时驻于山东登莱一带，下一步大中军势必发动第二次北伐，光复辽东之地，辽东军区方能移驻到辽东。
还有一个近卫卫戍军区现在情况比较特殊，暂时驻在南直隶，负责拱卫现在的临都南京，和中原军区防地有所交叉，但是大中朝已经决定，今后会定都北京，所以今后卫戍军区会随着都城的迁都，也会移至北平府驻防，第一任司令长官由刘耀本担纲。
至于其他跟着肖天健出身的陆师大将们，则基本上都出任了各军区的副司令长官，但是因为赵二驴因为和李栓柱素有间隙，肖天健将其调至了东南军区做了石冉的副手。
本来肖天健是想要让罗汝才出任东南军区司令长官的，这作为他对罗汝才这么多年来，对他一直俯首帖耳鼎力支持的一种嘉奖，但是在年初攻打云南之战中，罗汝才却在军前得病，险一些丢了性命，虽然后来在一些名医的努力下，保住了性命，但是身体却大不如从前了，罗汝才自己也知道没法继续在军中干下去了，平定云南之战结束之后，罗汝才便主动请辞，要求回乡荣养。
于是肖天健只好授罗汝才为定南伯，准其退出军中，并在南京城授其一座大宅，作为他退役之后荣养之所，并且由大中朝终身供养，作为对罗汝才这些年来功劳的回报，罗汝才欣然同意，就此退出了军中，回到了南京城荣养。
但是就在这次的大整编定下来之后不久，阎重喜也因为旧伤复发一病不起，无法继续担任西北军区司令长官之职，于是也请辞退役，肖天健感念于阎重喜劳苦功高，准其退役，授其为三等平西公，在洛阳授其府邸，供其颐养，西北军区司令长官则改由李凌风继任。
除了陆师之外，海军方面也进行了整编，原本统一的海军，以松江府长江口为界，划分成了北方海师和南方海师两个部分。
刘江出任海军总司令长官，原海军大将萧如风出任北方海师司令长官，刘岩明出任南方海师司令长官。
原来海军船只和人员重新划分，将一批兵将和船只划拨到了原本实力很弱的北方舰队，大大扩充了北方舰队的实力。
而北方舰队的总部则没有选在原本设施比较好的登州，而是被肖天健指定选在了浮山所，也就是后世的青岛，另外船队的驻地也选择在了浮山所和威海卫以及登州三地，作为北方海师的主要靠泊补给基地。
至于南方海师的总部则设在了宁波府，船队驻泊地则主要以舟山、温州、泉州、广州四地为主要停泊之地。
整个对军队整顿持续到天元三年年底才彻底结束，所有军队完成了整编和裁员以及换防等事务。